历史建于1869年8月6日（明治2年6月29日）,原称“东京招魂社”,以纪念在明治维新时期日本内战戊辰战争中为恢复明治天皇权力而牺牲的军人.在1879年（明治12年）,东京招魂社改名为靖国神社；“靖国”来自左传僖公二十三年“吾以靖国也”,意为使国家安定.靖国神社在明治维新后是供奉为日本战死的军人,包括甲午战争（1894-5年）,日俄战争（1904-5年）,和第二次世界大战.因此,日本全国神社都由内务省管理,唯独是靖国神社由军方管理.现时存放着接近250万名为日本战死者的灵位,其中有210万死于二战,包括14名二战甲级战犯和约2000名乙、丙级战犯的牌位.日本在1945年8月15日战败后,因为日本的战后和平宪法第9条说明要分开政府和宗教,靖国神社选择了变成一个非政府旗下的宗教机构.在靖国神社供奉的阵亡二战日军军人当中,被征入伍的的台湾和韩国人也在内.还有,靖国神社也在1978年秘密将14个被盟国远东军事法庭入罪和处决的甲级战犯放入它们供奉的名字里.这些甲级战犯包括首相东条英机和外相广田弘毅.正由于这班主要战犯的灵位也同时供奉于神社内,所以每当日本政要前往靖国神社参拜,都会引起邻近二战期间遭受过日本侵略的国家及人民的反对.而近年日本政治环境右翼化,领袖频频前往作官式参拜,因而使邻近受害国家政府和民众的抗议加剧.日本国内对于领袖或官员参拜靖国神社亦有正反两极化的反应,许多人认为官员只能在非公务时间以私人身份参拜,前往参拜时并不得利用公务车或其他行政资源,否则就是违背了政教分离的精神.在1945年8月15日,日本宣布无条件投降的“终战纪念日”的时候,很多日本国民都去靖国神社去纪念战死了的亲友.而且,有参与过“大东亚战争”的日军军人也在这一天穿上军衣去参拜战死的同僚.这个宗教机构的争议升温的原因是由于有日本政府的官员,包括首相和内阁成员,在极具有象征色彩的“终战纪念日”参拜靖国神社.因为有些日本高级官员参拜供奉战犯的神社,被日本侵略过的亚洲国家质疑日本对过去侵略战争的态度.在第二次世界大战的时候,靖国神社曾经作为神风特攻队的出发仪式举办地.即使在现在,往往有日本二战退伍老兵在此举行各种悼念活动.身着二战时期日本旧军装,举行列队示威,口呼军国主义口号,因此,靖国神社也被认为是日本军国主义分子的精神圣地之一.此外,靖国神社大门旁边一个纪念碑上的浮雕,一幅描绘的是中日甲午海战,另一幅是抗日战争时期日军入侵上海.都是正面描绘当时日本军队如何“英勇”作战的,这是不折不扣美化当年侵略战争的做法,也令中国人民非常不快.为日本政府官员参拜靖国神社辩解的人认为,神社的废存早在1945年10月已由当时占领日本的联合国最高司令官总司令部决定,所以靖国神社已和军国主义没有关连,只是一座普通的宗教场所,民间人士在神社内对军国主义的祭祀只是个别人的立场.靖国神社实际上并不具有任何影响力,因为美国已经牢牢控制着日本的对外政策与军事,靖国神社充其量只能成为怀旧右派的纪念碑 .1945年,联合国占领军总司令部曾准备废除靖国神社,为此靖国神社举行“临时大魂祭奠”,把许多未死的人也来祭祀.后改为宗教法人才得以幸存.1955年以后,自民党5次提出《靖国神社法案》,要求将靖国神社改为“特殊法人”,试图将之国营化.1974年,由于日本社会的广泛抗议,才没有成功.
