萨满教和佛教为主.
成吉思汗建立蒙古汗国以前,蒙古地区占支配地位的宗教是萨满教.萨满教是蒙古族古老的原始宗教.萨满教崇拜多种自然神灵和祖先神灵.成吉思汗信奉萨满教,崇拜“长生天”.直到元朝,萨满教在蒙古社会占统治地位,在蒙古皇族、王公贵族和民间中仍有重要影响.皇室祭祖、祭太庙、皇帝驾幸上都时,都由萨满教主持祭祀.蒙古族历史上有过多种宗教并存. 成吉思汗和他的继承者对各种宗教采取了兼容并蓄的政策.流行的宗教有佛教、道教、伊斯兰教、基督教、萨满教等.蒙哥汗时期,蒙哥汗和皇族除信奉萨满教外,也奉养伊斯兰教徒、基督教徒、道教弟子和佛教僧侣,并亲自参加各种宗教仪式.元朝时也采取同样的政策.元朝时期伊斯兰教徒的建寺活动遍及各地,基督教也受到重视和保护.国师八思巴曾向忽必烈及其王后、王子等多人灌顶.佛教取代了萨满教在宫廷里的地位. 可是,佛教的影响仅限于蒙古上层统治阶级,蒙古人大多信奉的仍然是萨满教.16世纪下半叶,蒙古土默特部阿拉坦汗(俺答汗)迎进了宗喀巴的藏传佛教格鲁派.1578年阿拉坦汗和达赖三世索南嘉措在青海仰华寺会面,召开法会,举行了入教仪式.在法会上索南嘉措被阿拉坦汗封为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”,达赖喇嘛称号由此产生.此后,在明、清两朝的支持和提倡下,藏传佛教在蒙古地区兴盛起来.但萨满教在东部地区以祭祀、占卜、治病活动形式不同程度地幸存了下来.
