西方15世纪大航海时代 海上霸主国的海军是如何控制海上航线的?

是的,靠舰队巡逻.
大海并非你想象的那样哪里都可以通行的.适合船只航行的航线其实就那么几条而已,其他的海域布满了暗礁等不可预知的东西.因此,一般进行封锁,只需要卡死那几条航线即可,并不需要遍地撒网.被封锁的国家船只,要么从航线上冲出去,要么就走那些陌生的海域去碰运气,九死一生.
那时候没有雷达,双方的观测距离都很短,虽然难以发现敌人,但一旦发现敌人,双方的距离基本上就很近了,被封锁的一方很难逃出对方的追杀.